かつて未曽有の大災害に襲われた東の最果ての島国「ジパング」は、再びサムライが支配する世となり、過去と未来が融合する独自の文化を形成していた。
ある七夕の日、海上巨大都市「新東京（ノヴァ・トキオ）」に暮らす見習い飛脚の少女・小紅は、少年剣士の姿をした１体の機巧人形を拾う。
彼の名は、織星綺也之介。人を狂わせるという妖刀を守護する「サムライドール」だった──。