５８年前、突如として襲来した高位次元生命体“イドラ”。 ありとあらゆる“生物・物”に憑依し、科学技術文明を破綻に追い込んだイドラに対抗した唯一の存在“サマナー”達は、人類の盾となる国際機関“ロンギヌス”を設立する。 イドラ発生後誕生した、イドラ接触後に新たな能力を覚醒させた魔人“アバドン”を組織に迎え、やがてロンギヌスは強大な権力を持つ巨大組織へと発展した。 そして現在ーーー二つの大陸の間の海に浮かぶ島国“ヤマト”。 その首都タマユラで梵駒子（そよぎこまこ）は、ロンギヌス機関ヤマト支部でイドラハンターとして海岸沿いの集落からのイドラ討伐の依頼を遂行するため、イドラを討伐する。 喜ばれるどころか住民から石を投げられ罵倒される駒子。しょげながら帰還するも、上司である不知火局長は駒子の苦情をあえなくスルーする。 家に帰り、仲魔であるウィランジュ達と毎日わいわい過ごす日常はこのまま続くと思っていた―――だが玉の緒タワーで起こったテロを契機に、駒子と家族の日常は一転する。 【シルヴィア編】 銀色の髪に銀の瞳の女“シルヴィア”。 かつて“エピファネス”と自らを名乗る獣頭の人型イドラにより、人体実験の被検体として過酷な過去を持つシルヴィア。その過去の復讐のためにエピファネスの情報を集めるが、集まるのは関係のないカルトや犯罪組織の情報だった。 そして今回も関係がないと思われるイドラを崇拝するカルト教団を調べるため、シルヴィアは単身カルト教団のコロニーへと出向く。 【リオ編】 ９歳の頃の体験により、特殊な能力を覚醒した千月・リオ＝ブレイディ。 それから自身の能力を用いて犯罪まがいに加担する日々を送っていたが、とうとうロンギヌスから目を付けられる事態に。 リオが小さな頃から幼馴染として慕って来た、現在はロックバンドＤ・Ｏ・Ｄ（ Ｄａｎｃｅ Ｏｆ Ｄｅａｔｈ ）のメンバーであるロイド・ヴェインとの再会を機に、ある目的をもってロンギヌスに所属する事となる。