二〇〇〇年に世界中で一斉にダンジョンが発生した。政府はこれを脅威として軍隊が派遣。だが、ダンジョンに生息するモンスターには現代兵器が通用しない、ということが分かっただけだった。対処不能となったダンジョンは、立ち入り禁止とされ事実上放置されることとなった。 　だが、二〇〇五年にアメリカ・ニューヨークにあるダンジョンからモンスターが大量にあふれる事故が発生。多くの死傷者を出した。その際、ダンジョン内の資源でモンスターに対抗できることが判明。対抗策を手に入れた人類はダンジョンへと進出。多くの資源を獲得した。 　その後、ダンジョンに対抗する探索者という職業、彼らを統率・支援するために探索者協会が作られた。探索者はダンジョンを攻略することで、モンスターの討伐、資源の回収だけでなく、スキルや魔法といった特別な能力を開花させる。そのため、危険を顧みずダンジョンに挑む探索者が急増した。 　そんな中、二〇一五年に中国・重慶のダンジョンからスライムがあふれる事故が発生した。中国当局は即時ロックダウンを実施し、魔石を利用した兵器によって住民ごと焼き尽くした。中国当局は原因をダンジョン内で探索者が作りだした『ゴミ』」にあると公表し、これを『汚染爆発ビオデミック』と命名した。 　各国がダンジョン資源の軍事転用により危機感を強める中、日本政府はダンジョン清掃が急務であるとの方針を表明。探索者協会は、それを担う『清掃人』を雇用することを宣言した。しかし、強行採決したことにより世論が二分。国内で発生していないこともあって『清掃人』の世間での評価は著しく低かった。 それを憂慮した探索者協会は採用条件を大幅に緩和。身元の確認不要や護衛の斡旋。支給される制服のデザインの変更。名称も『ダンジョンメイド』に改められた。 新人のダンジョンメイドとなった影野彩愛（かげのあやめ）はダンジョンでピンチに陥っていた山本五郎（さんもとごろう）を成り行きで助ける。彼の願いでボス討伐を手伝うことになった彩愛は、ダンジョンを巡る陰謀の一端を垣間見ることになって……。