海の家で働いていた幡多京次郎は、一晩のうちに海の家で働く人間の頭がかち割られ、全員の脳味噌が盗まれるという事件に巻き込まれる。 事件の前日に海の家にやって来た男子学生と共に事件の顛末を見届けたことをキッカケとして、京次郎は海上保安庁の対怪異専門部隊「書架番」のメンバーとなる。 乗客が泡となって溶けた豪華客船、 夜の来ない女神の島、 龍神の啜り泣く海底洞窟、 密漁者の死体だけが打ち上がる浜辺、 海から帰ってくる死者、 海の女神として祭り上げられる首の無い女…… 深い海に棲まう人智を超えた存在と、彼ら彼女らが起こす事件の顛末を、書架番たちは時に解決し、時に見届けていく。 ※言うまでもなくこの物語はフィクションです。実在の団体・個人・思想とは一切の関係がありません。