自我を持ったプロトタイプ型ヒューマノイドロボット・ノヴァ。彼女の脳器（コンピュータ）が盗難され、元アメリカ海兵隊員であり現在はREX社の秘密部隊に属するオルドは、その行方を追うこととなる。 そんな中、ノヴァを盗難した山川敦と出会い、オルドは自分が人間ではないことを伝えられる。 自分は何者なのか、何故自我を持つに至ったのか、ヒューマノイドの行く末は、テロ活動を行うハイマートロスの目的は、そして、謎の存在・スサノオとは……。 「知り得ないモノ」を追い求め、オルドは自らの「欲望」の正体を探求する。 ヒューマノイドが溢れかえる近未来を舞台に、ヒューマノイドが自己探求の旅へ出る。 そこで出会う様々な人物とふれ合い、オルドの自意識は徐々に変化していく。 意識ある生命は、自己を現にそこにあるものとして自覚する存在であり、ひとりではいられない。自分たちは他の誰かと『今この時』に『共に在る』ことが必要なのである。 果たして、旅の果てに、オルドとノヴァが手にするものとは何か……？