人生は不公平だ――両親の理想を押し付けられ、教師に振り回され、反りの合わない上司から逃げるように仕事を辞めた主人公。閉塞感から目を背けるようにたった一人で夜の山道をドライブしていた最中、強烈な光にハンドル操作を誤り転落した彼が再び目を開けた時、そこは見知らぬ診療台の上だった。 状況の理解も追いつかないまま、突然の襲撃に対し何故か体に染み込んでいる戦闘技術を駆使して脱出を図った彼は、そこで「都市モグラ」を名乗る組織と出会う。 偶然の出会いから適性を見出された主人公は、この新たな世界で、新たに与えられた名前と顔、そしてサイボーグ化に際して手に入れた戦闘能力を駆使して新たな人生をスタートさせる――巨大階層型都市「サイストック」の廃墟を巡る都市モグラとして。