突如現れた異形の怪物シャドウに致命傷を負わされた紫童リンネ。同級生の魔法少女星崎カンナは秘術によって彼の命を救うが、副作用でリンネは敵に襲われやすくなってしまう。 「おまえには魔法を覚えてもらう」 妖精の指示で身を護るための訓練が始まるなか、カンナや同じく同級生の魔法少女レナと交流を深めていく。 四人いる魔法少女の中でもカンナの才覚は凄まじく、新しい魔法を創り出し、敵幹部のひとりを倒すなど順調だった。 その矢先、敵の大規模無差別攻撃が発生。大勢の犠牲者が出た上に魔法少女の正体が晒されてしまう。カンナは編み出した記憶操作魔法によって家族も含めた一般人の頭から少女たち個人の存在を消した。 個を忘れ去られ、魔法少女としてはバッシングをされながらも戦う少女たち。そんな少女たちを忘れずにいるリンネだけが彼女らに寄り添う唯一の存在となっていた。 迎えた最終決戦で敵の親玉、始祖が復活。大勢が死に、魔法少女にもひとり犠牲が出る中、カンナの奮戦によってとうとう始祖を異次元に封印することに成功。勝利を喜ぶ最中、次元の壁を破って這い出た始祖の触手がカンナを襲い、それを庇ったリンネが負傷、さらには異次元へと連れ去られてしまう。 次元を超えて助けにきたカンナたち。しかし焦りを突かれたカンナは始祖に操られ、リンネに致命的な傷を負わせてしまう。取り乱すカンナを、リンネはなけなしの力で落ち着かせ、気を失う。 残されたわずかな時間で、レナは次元を切り裂きリンネを元の世界へと送り返す。しかしそれが限界だった。魔法少女たちは始祖の触手に飲み込まれる。 現世に戻った瀕死のリンネを、自称「改造人間」の四ノ宮リリカが迎える。傷を負ったことで適合者としての資格を得たリンネは、妖精界の遺物「アーティファクト」を与えられて命を繋ぐ。 得た新たな力とともに、リンネは魔法少女の救出を誓う。