一世紀以上にわたり、商業的利益を巡って戦争を繰り広げてきた二大強国、ヤーグベルテとアーシュオン。だが、その均衡がある日突然崩れ去る。アーシュオンが手に入れた「超兵器（オーパーツ）」と呼ばれる兵器の一種・インスマウスにより、ヤーグベルテの八都市は無差別の空襲を受け、数百万人の命が一瞬で奪われた。その惨劇の中で、マリオンはわずか四歳で家族と故郷を失った。 数年後、ヤーグベルテはそれら超兵器に対抗すべく、「歌姫（セイレーン）」と呼ばれる特殊能力者たちを最前線の海へと送り出す。二人の歌姫――ヴェーラとレベッカ――は、アーシュオンの超兵器と艦隊を次々と撃破していく。それにより、一旦はアーシュオン優勢に傾いていた戦争は、再び戦力拮抗の泥沼に陥ることになる。 それからさらに数年後、マリオンはVRシミュレーションゲーム「アルス・パウリナ」で抜群の成績を収め、その才能を軍に見いだされる。優れた歌姫としての素質を認められ、士官学校への入学が決定する。 ゲームを通じて知り合った仲間たち、レオナやアルマと共に、彼女は厳しい訓練を受け、成長を遂げる。そして、ついに彼女たちは最前線に立つ時を迎えるのだった――。