大戦後、脳以外の肉体を機械に代替することで更なる進化を求めた新人類によって、肉体の機械化を拒んだ旧人類が隔離領土『人檻(ケージ)』に隔離された社会。 第十三管理区で、人檻(ケージ)に廃棄された新人類の自律人型兵器『落伍者(ストラグラー)』を破壊することを生業とする〈壊し屋〉のエラは、暴走落伍者に襲われる一人の少年ルガァーを助ける。そして彼が管理区長のジオーレに追われていると知り、ボディガードを買って出た。 ルガァーは、エラとともに過ごす中で、今まで知らなかった様々な価値観を知り、やがてルエラに尊敬と信頼を抱くようになる。 しかし尊敬するエラでさえ、新人類に支配された今の世界を受け入れてしまっていると知ったルガァーは絶望し、喧嘩の末に事務所を飛び出してしまう。そして秘かにルガァーを追っていたもう一つの勢力、解放軍によって攫われてしまう。 エラは解放軍のアジトを突き止め、仲間のウォルターとともにルガァーの奪還に向かう。昔の同僚で、解放軍のリーダーでもあるガナッシュから一度はルガァーを取り返すが、ジオーレが有する治安課部隊の介入よって、再度ルガァーを奪われてしまう。 ガナッシュから、ルガァーの正体が落伍者を意図的に暴走させる装置『接合部干渉暴走誘発装置(コネクターエラートリガーシステム)』であると聞かされてなお、彼を救うというエラの決意が揺らぐことなく、ジオーレがいる管理区役所に乗り込み、ルガァーを助け出す。 しかしルガァーの存在を疎んだ新人類によって対旧人類用鎮圧プログラムが作動し、暴走状態となった無数の落伍者に襲われる。エラのピンチを前に、ルガァーは自身に埋め込まれている装置の力を覚醒させ、落伍者を停止させ、エラを救った。 ルガァーの開発者の男と会合したエラは、男から新人類の現実、ルガァーの真実、男の目的、そしてルガァーを救い出す方法を教えられる。エラはルガァーと共に彼が救われる道を求め、旅に出る。