遥か未来、地球は二つに分かれた。旧ロシアを中心に生まれた広大な領地を誇るユーラシア連邦共和国と、旧アメリカを中心に生まれたあらゆる海洋を支配する太平洋連合帝国。ニ大国は全面戦争を避けつつも、最新鋭の人型汎用巨大兵器『機士』の開発競争を続けていた。 しかし記憶喪失の主人公イルア・ジュデアスが住む太平洋の島、アストラ島で発見された新鉱石が発見される。あらゆる衝撃や熱を遮断し、そしてそれ自体が半永久的にエネルギーを放出するアストラメタル。それを求めて、ニ大国は冷戦を超えて全面戦争を開始する。 イルアは大切な人々を守るべく、アストラ島の地下で眠っていた未知の機士、アストラル・ゼロに乗りニ大国に戦いを挑む。