日本のどこかにある小さな島、妖明島(ヨアケジマ) そこで暮らす神社の家の息子である高校二年生である主人公、小鳥遊陽(タカナシヨウ)は妖怪や霊などを見ることができる霊能力者であるが、都会とかけ離れた島の暮らしに退屈さを感じつつも特に何をするわけでもないまま、夏休みに入ろうとしていた。 そんな彼の前に、都会から来た少女、大神結月(オオガミユヅキ)は彼と同じ霊能力者であり、現代に生きる陰陽師の家系だという。 しかも夏休みの間、家に泊まるというのだ。 突然現れた新米陰陽師、大神結月との出会いから小鳥遊陽の生活が一変していく。 現代に生きる妖怪と霊能力者達の戦いと日常を描いた物語が今、始まる。