小さい頃に纉伎島の沖合で溺れてしまった綾瀬凪。そこで大きな鯨、「ケートス」に助けられ出会いを果たす。一度は島を離れるものの、助けてくれた鯨について気になり纉伎島高校に入学することになる。 高校で出会った綿津見、斉藤、高梨とともに「ケートス」について調べていくが、幼少期からよく遊んでいた瑠海のことが気になり会いにいく。しかし、どこかぎこちなく覚えていないと言われてしまう。その時期から凪は夢を見始め謎を解いていくが、、、、、 時空と神話を超越した感動のボーイ・ミーツ・ガール。