20XX年、日本のウロボロス県ミズガルズ市。そこは蛇型の宇宙人達が天敵「アイギス」達を根絶する為に人間と協力し兵器を開発する為の人工島。そこで繰り広げられる人間、蛇、アイギス……そして、とある少女の物語。