私たちの世界に「二層目」が現れる。
物質の組成の違う「二層目」の世界は一層目空間を浸食し、危険生物は人の居住区を荒らす。
通常兵器で太刀打ちできない「二層目」の生物対して、人類は「魔女」の名を冠する兵器Witch2.0を開発。
18才以上の選抜された男女に命じられたのは、Witchを使って「二層目」を消滅させることだった……。