フリーのシステムエンジニアとして働く長内は、ある日18歳の美しい娘、塔子と出会った。 夫婦となり、子供ができると妻は故郷である山奥の村に戻って出産したいと言い出した。 愛する妻の体を気遣い付き添って行った長内は、その村に着くやいなや村の異常性に巻き込まれていく。 塔子は産婆の家に行ったきり戻って来ず、連絡もつかなくなった。 長内のいる家を夜な夜な若い女たちが訪ね、布団に這い込んでくる。長内は心ならずも彼女らと交わってしまうが、その理由を聞いても誰もまともに答えてはくれない。　 周辺では村人たちが次々に突然死していく。死ぬときの形相は皆同じで、全身青ぶくれし、顔には苦悶の表情を浮かべた凄まじいものだった。 村から出ようとすると力づくで引き戻され、村に幽閉される形となった長内は孤独を深めていく。 ある日、村長である男と塔子が突然長内を訪ねてくる。そして二人から、この村が「蛇神に呪われている」と聞かされる。 村は平安の昔から千年に渡って蛇神に呪われており、その呪いのせいで10,20,30歳を迎えると突然死を迎える宿命を背負わされていたのだった。 村人が死ぬと、埋葬の4～7日後、雨の降る夜に死者は自ら土を除けて甦ってくる。そしてまた、次の10年を生きる。 蛇神の呪いは、古の昔に村が犯した罪への報いだった。その昔、村の若者が蛇女と交わり、蛇と知ると村じゅうで蛇女をなぶり殺しにしたのだ。 蛇女は蛇神の娘であった。蛇神の怒りは凄まじく、村人たちに「死に絶えるか、生き延びたとしても未来永劫に苦しむ」軛を与えた。 それ以来、この村は蛇神の呪いに苦しむ宿命を背負って生きていかなければならなくなったのだ。 村人たちは古来、「外部の者の血」を入れることで蛇神の呪いから解放されようとあがいてきた。 村人たちの狙いは、長内の持つ生殖能力だった。女たちはそのために毎夜長内の寝室に入り込んできていたのだった。 産婆の家で長内は、コエシロウという名の十四歳の少年に出会う。村を守護する巫女的存在である産婆の家の者で、産婆の長であるオビル婆の曾孫に当たるコエシロウは、産婆の家を厳重に警護していた。 産婦のいる産婆の家に男性が入ると「邪気子」と呼ばれるたちの悪い子供が生まれると信じられており、コエシロウはそれを防ぐための用心棒だった。邪気子はまた、狭い村のなかでの近親婚によって生まれることもある。 塔子の陣痛が始まると、夫である長内は産婆の家に入ることを許された。入村して以来やっと会えた妻と会話を交わすが、元気な男の子を産み、塔子は死んでしまう。 その日に二十歳の誕生日を迎える塔子の死は予定されていたものだったが、塔子が赤ん坊を生んだのは死後のことだった。 産婆たちは気色ばんだ。なぜなら、村人の通常の死と違い、塔子の肉体と魂のあいだには隙間ができてしまっていたからだ。その隙間から、「古霊」と呼ばれる厄介な霊が塔子の体に入り込む。埋葬されたのち生き返ってきた塔子はすでに塔子ではなかった。 妻を救う手立てを探そうともがく長内は、村にある古い神社へ上る。その昔村人たちが蛇神の呪いを解こうと懸命に祀った神社だった。すでに打ち捨てられたその廃神社に参拝した長内は、藪のなかから飛び出してきた小蛇と対峙する。小蛇は長内を見据え、紛れもない蛇神の使いとして、長内に残酷なメッセージを伝えた。 産婆たちと古霊の闘いが始まる。塔子の体から退散させるとともに、蛇神の呪いを解くヒントを得られないかと産婆たちは知恵を絞る。だが狡猾な古霊の罠によって、蛇神降臨の儀式手順が書かれた巻物を発見する。 儀式は蛇神の呪いから村を救うものと、誰もが信じた。村長の家に全ての村人が集まり、産婆たちによって儀式が執り行われた。 産婆は、長内の子を「穢れなき呪われしもの」と呼び、儀式に使う。呪いから解き放たれるという願望に取り憑かれた村人たちに抑えつけられ、長内はそれをただ見ていることしかできなかった。 赤ん坊が捧げられ、村長の家に蛇神が降臨した。村人誰もが呪いの終焉を喜んだ。 が、そのとき、蛇神は高らかに呪いの「再確認」を宣言する。 全ては古霊を使って蛇神が仕組んだ罠だったのだ。怒れる蛇神は巨大な旋風を巻き起こし、村長の家を中心に村全体を吹き飛ばした。 オビル婆の懸命な画策によってひとり命を永らえたコエシロウは、長内とともに村から逃げる。コエシロウひとり生き残ることで、村の再興は可能となるのだった。 五年後、長内はコエシロウの婚約者を村まで連れていくことを依頼される。コエシロウの子供を無事に生まれさせるため、婚約者を村長の家の座敷牢に監禁することに長内は協力する。 二十歳になって死んだコエシロウが、雨の夜土のなかから甦る。 コエシロウが長内に冷酷な決定を告げたそのとき、長内の体に異変が起こった。 蛇神は村の再興の礎として長内の魂を望んだ。村はそれを迷わず差し出したのだ。