天才高校生・神藤葉羽と幼馴染の望月彩由美は、謎めいた招待状に導かれ、奇妙な屋敷へと足を踏み入れる。屋敷の内部は異様な静けさに包まれ、過去の時間が歪んでいるような感覚に満ちていた。次々と現れる幽霊のような存在、不気味な囁き、そして逆回りする時計――葉羽は冷静にこれらの謎を解き明かそうとする。

やがて二人は「絶対密室」と呼ばれる部屋にたどり着き、時計が時間を操り、過去の真実を隠してきたことに気づく。犯人は、この時計を使って過去を改竄し、完璧な犯罪を成し遂げようとしていた。しかし、時計の停止とともに、全ての歪んだ時間が修復され、葉羽は過去に起きた恐ろしい真実にたどり着く。

最終的に、葉羽は全ての謎を解き明かしたかのように見えたが、残された「空白の時間」にまだ解決されていない矛盾があることに気づく。最後に読者に向けた挑戦状――「この空白の時間に隠された最後の真実に、君は気づけるか？」