ここは、衰退し始めた世界。 暁の子供である新と悠の子供である咲がいつものように高校で過ごしていると突然世界が変わってしまった。 そんな世界で、マスコットのような黒ネコ――リーデルに案内されピースとガーディがいるファントムゲートに案内される。 「選択しろ。存続か、再構築か」 二人のその言葉に新と咲は仲間達とともに囚われている人々を助けながら、どうしたいのか考えていく。 涼恵達にも協力してもらいながら、二人が選択する道は？ 幻想怪盗団最終章となる二人の物語は、どんな結末を迎えるのだろうか？