天才高校生で推理マニアの神藤葉羽（しんどう はね）は、同じ学校で発生した奇妙な殺人事件に挑むこととなる。被害者はクラスメイトの佐伯で、遺体は校内の倉庫で発見された。葉羽は警察の検証に疑問を抱き、独自に捜査を始めるが、事件の背後には時間を操作した巧妙なトリックが隠されていた。

さらに、葉羽の幼馴染である望月彩由美の父親が、この事件に深く関わっていることが判明する。彩由美の父が隠していた学校の不正と、それを知ってしまった佐伯との対立が引き金となり、事件は複雑に絡み合っていたのだ。

葉羽は次第に、彩由美の家族との絆と、事件の解明との間で揺れ動くことになる。犯人が仕掛けた「時間の罠」を見抜き、真実を解明しながらも、彩由美との関係に変化が訪れる。

果たして、葉羽はこの難解な事件をどう解決するのか。そして彩由美との絆はどうなるのか――天才高校生探偵が挑む、時間を操るトリックの結末が明らかになる。