＜バケモノ＞と呼ばれる異形が人の命を脅かす現代。国家公務員の＜祓魔隊＞と呼ばれる者隊が、バケモノを退治し人々の暮らしを守っていた。しかし、祓魔隊が守れるのは大衆であり、個人ではない。彼、彼女ら一人一人の言葉を聞き、依頼をこなすのは＜祓い屋＞の仕事だった。久頭玲司（くとうれいじ）はそんな祓い屋として、助手兼弟子の能登創瑚（のとそうご）と共に、一人の女性から依頼を受ける。その内容は、数年前に起きた大厄災で命を落とした筈の友人が、バケモノになって事件を起こしたといった内容だった。一見不可解な依頼内容だったが、調査を進めるとさらに不可解なバケモノと遭遇する。これらバケモノに対抗する唯一の手段＜ペルソナデヴァイス＞を使用して退ける玲司は、事件の真相を追うと同時に、バケモノ退治に踏み切る。