1935年アメリカ西海岸でアメリカ最新鋭の駆逐艦が突如として沈没した。また世界各国の港で軍艦の沈没事故が相次ぎ国際連盟は召集をかけ対策本部を設立させた。巨大生物と人類の生存をかけた戦いがここに始まる。