数十年に一度のすい星が地球に近づいた夏休み最初の日。 星が大好きな少年夜見星太（やみせいた）は、すい星を見ているときに眠ってしまい、見たこともない場所にいる、悲しげな表情の少女ステラの夢を見る。 そこにすい星の精霊トラウムの声が響き、少女が星の姫であること、なにかの力ですい星が星太の星に向かって落ち、このままだと星が滅びることを告げる。 星太は星を救うため、願いを叶える『星の石』を探してほしいと依頼され、 そのためになんと星を越え、すい星の学園に転校生として入学することになってしまう。 星の危機を解決するパートナーは、夢で見た少女、星の姫ステラ。 ここに、星を越えた不思議な夏休みの冒険がはじまった。