日本列島の南西に浮かぶ波瑠島。夏休み明けに東京から季節外れの転校生、如月葵がやってきた。右頬に大きな痣がある葵は、クラスに馴染むことなく孤立を深める。ある日、同じクラスの鳴海孝介は、葵が毎日ある場所へ通っていることを知る。幼い頃に不思議な力を宿した孝介は、聖痕を刻まれた葵を救うために行動する。