環境の悪化により地上に住めなくなった地球の人類は、空中に人工の都市、「空中都市」を作ることによって生き延びていた。 その空中都市も、いつからか宇宙より飛来する謎の巨大生物に襲われるようになる。 その宇宙生物たちから空中都市を守るパイロットとして仕事をこなす青年・ヒロは、ある戦いの最中に中に生体反応のある救命ポッドを拾ってしまい──。