侍や妖怪が実在する異界の日ノ本で日本古来から伝わる諜報機関"忍び"が存在する。 　日ノ本政府直属の御庭番衆を統べる『服部半蔵 正輝』の次男として生を受けた『服部半蔵 炎慈』はとある腐れ縁の侍少年のせいで忍びとしての道に己が在り方を模索していた。 　そんな中、忍び資格試験を受けることになり、甲賀流の少女忍び『望月 薬叉』とパートナーを組む事になるが、予想外の事態に陥る。 　しかし、彼は忍び。 忍びとは、日ノ本最強を誇りに持つのだから。 　「異界史日本大戦」の外伝にして、侍を宿敵視する忍びの見る世界から語られる異界の日ノ本におけるもう一つのバトル活劇。