メトロポリス――魔法と技術が共存する大都市。エリオット・グレイは使い魔シャドウファングと共に街の平和を守る刑事だ。ある日、繁華街で発生した奇妙な火災事件をきっかけに、エリオットは一連の失踪事件の背後に、謎の黒幕の存在を感じ取る。炎を操る魔法捜査官イザベラ・サンチェスや幻影を操る新聞記者ヴィクトリア・ベネットの助けを借りて、エリオットは次々と難事件に挑む。しかし、黒幕の陰謀は都市全体を巻き込む壮大な計画だった。エリオットは冷静さと正義感を武器に、真実を追い求め、メトロポリスを救うための戦いに挑む。