二十二世紀がもうすぐ訪れようとしている現代、突如として台頭してきた能力者と呼ばれる存在。彼らは従来の人を超える身体能力や頭脳を持ち、超常現象を引き起こすものまで現れる。能力者と、そうでないもの。世界は新たな対立を生み出し、新たな争いの火種を抱えることとなった。 そんな世界で、一人の少年と、一人の少女が、日本の能力者専門教育機関「国立能力開発研究大学付属高等学校」へ入学する。一般人とは隔絶された環境にある人越島を舞台に繰り広げられる、近未来学園ファンタジー。