突如として世界が黒い霧に包まれ、デミウルゴスと呼ばれる巨大な怪物が猛威を振るって世界人口のほとんどが失われたデミウルゴス・ショック。 7年が過ぎ、更地になった東京に政府主導で作られた計画都市、七竅市(しちきょう)市。 そこに住む十七歳の二人の少年、八路見(やみちあきら)、流戸微(ながれどかすか)はある日、街に現れたデミウルゴスに殺されそうになる。 目前で倒れる巨体。二人の前に立っていた一人の少女。 それは同じ日に高校に転校してきた、残火羅愛(のこりびらら)だった……。 私たちは古来から真理を探究してきた生き物である。しかし、形をもった真理など果たしてあるのだろうか？ どこまでも曖昧な世界で、真理を見つけようともがき、井戸よりも深く進んでいった先に……。