七ツ森中学校に通う女子中学生、瀬川澪は旧校舎の校長室を勝手に占拠している男子中学生、十六原十六夜に数々の学校の事件を持ち込む。十六原は『Q.E.D.部』なるものを立ち上げており、次々と解決していく。瀬川は学校の平和を、十六原は謎解きを楽しむため、今日も今日とて証明していく。