父親の再婚話が原因で家を飛び出した少女・百合は道すがら、亡き母から貰って身につけていたお守りを壊してしまった。その途端、彼女は謎の「怪異」的現象に襲われ始める。そんな彼女を救ったのは黒い羽織を着た『烏』のような姿の青年・弥次郎。彼は百合に近づく怪異を不思議な筆で祓った。「行くあてがないなら、ここに居ればいい」弥次郎の居候先で、百合の叔父が神主を務める神社・清澄八幡に転がり込んだ彼女は、巫女として神社周辺に暮らす人々の事情に関わっていく。百合のいつもと少し違う夏休みが始まる……。