8年前、西新宿にて歴史に残る大規模テロが発生。 計10棟のビルが倒壊し3万人以上もの死傷者をだした事件の真犯人はウバグージと呼ばれる怪物だった！ そして2038年現在、高校1年生である緋空侑斗は学校からの帰り道で謎の博士と出会う。 「美少女になって戦いたいと思ったことはあるかね？」 「あるっちゃありますけども…」 侑斗は少女マナリスへと変身し、ウバグージからこの世界を守るために戦うことになってしまうのだった。