インターネットの怪異を狩る忍者は今日もこのサイバー都市を見守っている。 時は西暦2238年の日本。サイバーシティTOKYO。 サイバーテクノロジーが技術の革新となったこの都市で、今や世界中の人々がネットにつなげて暮らしている。 サイバーシティTOKYOは世界のテクノロジーをリードする都市だ。 日本政府が「サイバー都市宣言」をしてからというもの、日本は世界でもトップレベルの技術力を誇る国となったのだ。 そんな日本には、ある都市伝説がある。 「サイバー・オブ・ザ・デッド」と呼ばれるその都市伝説はネットに接続していたネットユーザーが突然死する怪奇現象である。 犠牲者の中には「忍者が襲ってくる」という言葉を残して息絶える者もおり、その怪奇現象は忍者の仕業という噂が広まっていた。 そんな中、インターネット警備会社UGNはネットユーザーが「サイバー・オブ・ザ・デッド」の被害に遭わないたように日々監視を続けていた。 UGNの新入社員、江口 栄美は今日もサイバーシティTOKYOの仮想空間で異常がないかチェックする仕事に従事していたが、 仮想空間にアクセスしていた時に忍者のような姿をしたアバターに遭遇し襲われる。そんな彼女を救ったのは鎧に身を包んだ忍者であった……！