”この都市は今日も平和だなぁ（白目）” そこは”悠久都市プライマル”。反乱したＡＩに地上を追い出された人類が、果てに築き上げた人類の理想郷。都市内部では“紋章武器”という、神の力を借りて作った戦闘手段が流通し、人間たちは日々反旗のための力を磨いているという。 都市の治安維持組織”バリアランス”に所属する主人公、鍵付守は、指令を受けて田舎の中学校を訪れる。小さな生徒会長の少女の支援要請を発端に、鍵付は様々なトラブルに巻き込まれていくことになる―