大正12年春。 京都の動物園で、探偵小林秀平の依頼人だった女が殺された。 居合わせた小林が、警察から疑われる。かくなるうえは、犯人を捕まえるしかない。 調査を始めた小林の前に、学生服を着た美少年が現れる。その少年は、あの日の動物園でマリオネットを操っていた少年だった。 少年の名は、中原中也。彼曰く、「マリオネットに亡き人の名前を告げると、本音を語り出す」とのこと。 疑う小林の前で、中也はマリオネットを操り始めた。 「ゆあーん、ゆよーん、ゆやゆよん。さあさあ、聞かせておくれ。生きている間には言えなかったことを。ゆあーん、ゆよーん、ゆやゆよん」 魔術師からもらったというマリオネットを使い、中也と小林は謎を追う。