陸軍のサイボーグ犯罪対策特殊部隊CCSの士官候補生シーナは、単騎でメガスーツを倒したあと意識不明に陥った。 シーナの祖父で世界的に有名な天才マッドサイエンティスト、ジョージ・クラウチ博士と結婚したジェンダーチェンジャーのコーネリアは、義理の孫娘（と言ってもシーナと10歳しか変わらない）の看病をするため毎日病院にお見舞いに行っていたが、ある日見知らぬ男たちに襲われそうになる。 男たちの目的は、天才科学者ジョージ・クラウチを利用することだと知ったコーネリアは夫であるジョージと話し合い、ある秘策を思いつく。 それは意識の戻らないシーナに代わって、別のシーナを登場させること。 ジョージとコーネリアは何日もかけて、機械仕掛けのロボットシーナ、つまりシーナⅡの作成に成功。 そしてシーナⅡは、新たにメガスーツを作ろうとする勢力と戦うために、日本へと派遣されるのです。