時代は幕末。 人の心を食らって生きる兇魂が世を彷徨う。 兇魂が人の体を蝕むと人は正気を失い、乱心した化け物と化していた。 古より帝に仕えし「魂喰」が兇魂を喰って祓う京の町。 その地へ新たに旗を上げたのが烏合之衆、新選組。 公武合体の名の下、治安維持の為に帝に仕える魂喰と幕府預りの新選組が手を組む。 めまぐるしく時世が動く中、新選組の藤堂平助と魂喰の貂が出会う。 藤堂は刀で世を変えたいと意気込む青年であり、貂は人を斬ることが出来ないと悩む青年であった。 そんな二人がお互いを知っていくと、思いを尊重しあえる友人へと関係は姿を変える。