地球上に生存していた生物をもとに独特の変化を遂げた、仮称「特異生命体」による世界に対する攻撃に、日本も国土を侵されながらも必死に生存戦略を図っていた。 ある日、哨戒任務中に一人の少女を保護する13班班長「由良進」。 その少女は「美浜叶野」と名乗り、その特殊な能力を使い、13班を導いていく。