名門男子校である武刀高校に進学した安河内大雅は、入学式で全校生徒が男の娘化していた事実に衝撃を受ける。大雅は中学時代からの友人である矢神天満、インテリヤンキーの御手洗光輝、剣道少年の剣崎真鞘、オタク気質な眼鏡少年の首藤一樹らと共に《男子部》を結成し、男子校が男の娘校になってしまった原因を探っていく。