人類がかつて創造した、プレイヤーが人型巨大ロボットに変身して戦う大規模同時参加型ロボットアクションゲーム「アイオーン」。その舞台として用意された世界「惑星プレロマ」は、とうの昔にゲームが終了され、残されたＮＰＣ達が細々と暮らす地となっていた。世界にはゲーム時代のザコ敵である無人機「アルコーン」が残され、この脅威にNPCたちは放棄されたプレイヤーキャラに自分たちを疑似プレイヤーとして「ログイン」することで巨大ロボ「グノーシス」となり立ち向かっていた。 グノーシスの乗り手となることを夢見る少年、セオは、貧しい生活を送りながらもグノーシスの出来損ないの模倣品のような人型兵器で戦い続けていた。そんな彼の前に、ある時一人の少女が現れる。 「私は、グノーシス『ソフィア』。セオさん、私というPCのプレイヤーに、なってください」 数百年前、ゲーム時代の終焉をもたらしプレロマ世界を一変させた伝説のPC、あるいは「虐殺機」の異名で呼ばれる一人のPCに出会い、彼女にログインすることとなったセオは、アルコーンとの激戦に、そしてその背後で蠢く更なる危機へと立ち向かうことになる。 人を人として見ること。世界を世界として見ること。過去に人類がお遊びで作り上げた行き詰まりのゲーム世界で、セオとソフィアは様々なNPCやPCと交流し、時に反目し、共に戦っていく。