はるか昔に陸地のほとんどを失った蒼き世界、ノア。人々は巨大な船に都市国家を作り、わずかな資源を争って暮らしていた。飛行機乗りの少年･シエルは、そんな"船国"を行き来し、荷物を運ぶ"スワロー"。愛機は父の遺した白い水上機"ポラリス"。彼は無人島に流れ着いた少女･ステラを助ける。素性も何も語らない彼女の依頼で、シエルはステラを乗せて飛び立つことに。その先には、世界の危機と巨大な陰謀が待ち受けていた。