時は太平洋戦争末期の1944年11月20日、日本領の硫黄島から南にある火山島、「尉樹羅島」を大日本帝国陸軍第７師団に所属する「独立混成第44連隊」が守備していた。 連隊を指揮する『正太郎』は来るアメリカ軍の上陸に備えて地下塹壕などを構築し島を要塞化、部隊配置を行っていた。一方、同じ軍人で大日本帝国海軍に所属する叔父の『一郎』が艦長を務める高雄型重巡洋艦の五番艦、「赤牟」が一ヶ月前にフィリピンから日本に戻る際に舵とスクリュウーをアメリカの潜水艦に攻撃され航行不能になってしまい修理の為に島の北にある洞窟の入江に停泊していた。 アメリカ軍の攻撃が迫っていた為に島民の本土への避難が行われたが、この島の神に仕える巫女である『蛯子』だけは恋人である正太郎と神が心配で島に残っていた。 そして11月23日、アメリカ艦船からの援護砲撃の中をアメリカ軍の上陸が始まった。そして迎え撃つ第44連隊は徹底したゲリラ戦で上陸したアメリカ軍を攻撃した。戦闘は激化し正太郎は玉砕を覚悟したが、突然と島の上空に暗雲と地震が発生、さらに上陸したアメリカ軍と艦隊が出現した巨大な未確認生物の攻撃を受けて全滅した。 歴史から消された戦い、いったい島で何が起こったのか。これはそんな語れる事はない一つの物語である。