獣人達が支配する世界があった。彼らは平和に暮らしていたが、ある日魔物達の襲撃によりその平和が脅かされる。 　この世界で最大の勢力を誇る帝国は、一人の少年クロムを勇者に選定し魔王討伐に向かわせる。 　気弱な少年だったクロムは恐れ慄くも、仲間と共に遂に魔王城に辿り着く。だがその直後に魔王城の内側からビームが放たれ、壁を突き破り魔王城を破壊する。 　驚くも中に突入したクロムが見たものは、既に息絶えた魔王と、この世界で既に滅んだはずの人間の少女だった。 　少女の名はヘルタと言い、彼女は異世界からやって来たことを明かす。 　彼女は様々な世界（宇宙）の集合である、多元宇宙を管理する組織『OCMM』の兵士であった。 　ヘルタはクロムの力を見込み、彼を特別編成治安維持部隊『シャイニングメテオズ』に勧誘する。 　クールだがシスコンの大魔道士、喧嘩っ早いドラゴン、眠たがりの妖刀使いのアイドルなど、個性的なメンバーが揃うシャイニングメテオズと共にクロムは多元宇宙を駆け巡る。 　狂信的な邪教団体や狡猾な次元海賊団、1000年の眠りから醒めた邪神といった強敵を相手に、クロム達は多元宇宙の平和を勝ち取る事ができるのだろうか――。