速水瑛人は東京大学を目指す予備校生。その父は軍用の無人機の開発する設計技術者。国家機密を扱っている割にはなぜか、いつも在宅勤務である。ある日、父の部屋を様子を覗くと、そこには旧日本軍の特攻兵器「桜花」の飛行データが無造作に置かれていた。特攻機のデータをもとに無人機の開発を行っていたからである。そして、瑛人は、桜花の飛行データの解析を手伝うこととなる。 一方で、瑛人は東京大学を目指す予備校生である。予備校帰りは、秋葉原のアーケードゲーム「スカイグラディエーター」をこなして帰宅する日常であった。「スカイグラディエーター」は３６０度全面スクリーンにＡＲヘルメットを装着してドッグファイトを行う対戦型ゲームである。しかし、ある日、ネットワークのトラブルによりゲーム機は戦場の戦闘機に憑依。ボーナスステージと勘違いした瑛人は、そのまま敵機を撃墜させてしまう。知らぬ間に実戦に参加し続ける瑛人。挙句の果てには長距離ドローンに憑依し、モスクワの独裁者を殺害してしまう。そして迎えた東大入試前日、瑛人は尾行されていることに気づいた。相手は慶応大学に進学した同級生で、東大を目指す仮面浪人生の染野桂子であった。