今から約５００年前、世界中にダンジョンが出没した。 ダンジョンからは魔物があふれ出し、人類は一度滅亡しかけたのである。 だが時を同じくして人々は魔力という不思議な力に目覚め、次々と魔物を殲滅し始めた。 やがてダンジョン内にも足を延ばし、ダンジョンを踏破するものも現れ始めた。 ダンジョンからは様々な鉱物資源やハイテクノロジーな聖遺物が算出され、人々は躍起になってダンジョンを探索し始めた。 そして後に探索者と呼ばれる人たちが誕生したのである。 それから５００年の月日が流れた現代。 探索者はありふれた職業となり、上位の探索者は常にあこがれの存在となった。 高校生である桜田晴彦はそんな上位の探索者にあこがれ、一人でダンジョンに潜っていた。 だがある日運悪く下層から這い上がってきたオーガと相打ちになってしまう。 もうすぐ死んでしまうところで近くにいた怪しげな男にある選択を迫られた。 このまま死ぬか、ダンジョンマスターとして転生するかである。 晴彦はダンジョンマスターになることを了承し、そのまま息絶えた。 次に目が覚めると幼女の姿になっており、いつの間にかダンジョンの中にいた。 だが任命されたダンジョンは最弱のダンジョンのようで・・・？