二十年前の小笠原海溝九五〇〇メートル付近で、とある新種の生物が発見された。その生物は後にか“揺籠（クレイドル）”と名付けられ、発見者の沖浦正嗣らは一躍有名人となる。 世界的な新発見から数年後の日本――あらゆる環境に適応することが判明したクレイドルは、突如深海から地上に進行して爆発的にその数を増やす。 クレイドルを追っていたライターの斎藤伊織は、数年ぶりに再会した親友から新興宗教である『御霊のゆりかご』への入信の誘いを受け、断りきれずに見学に赴くと難病を抱えた一人少女の凪と出会う。