西暦2342年。 とある難病だと診断された青年『クロノ』はコールドスリープによって、三百年という月日が流れ去った世界で目を覚ます。 だが、冷凍ポッドを管理していた地下施設は放棄されており、探索中、正体不明の怪物に遭遇してしまう。最終的にクロノは要塞都市『ネオみなとみらい』に流れ着き、傭兵として生きていくことになる。 クロノはそこで得た経験と、正体不明の【ノイズ】、そして知恵だけをふり絞ってこの世界を生き抜いていく。