朝起きたら『チュートリアル　起床』という謎の画面が出現。怪訝に思いながらもチュートリアルをクリアしていき、報酬を貰う。そして近い未来、世界が一新する出来事が起こり、主人公・花房　萌（はなぶさ　はじめ）の人生の歯車が狂いだす。

不意に開かれるダンジョンへのゲート。その奥には常人では決して踏破できない存在が待ち受け、萌の体は凶刃によって裂かれた。

そしてチュートリアルが発動し、復活。殺される。復活。殺される。気が狂いそうになる輪廻の果て、萌は光明を見出し、存在を継承する事になった。

帰還した後、急速に馴染んでいく新世界。新しい学園への編入。試験。新たなダンジョン。

そして邂逅する謎の組織。

萌の物語が始まる。