藍色の目を持つ咲羅（さくら）の日課は、大桜に宿る精霊と話すこと。 いつものように精霊と話していた高校受験前日の朝。突如、村が魔物に襲われる。 村人たちは、異色の目を持つ咲羅が魔物と関係しているのではないかと疑う。 否定する咲羅だったが、母を助けようとして不思議な力に目覚める。 そんな咲羅の前に、異色の目と髪を持った男たちが現れる。 彼らの正体は、風人（ふうじん）という種族だった。 力を使い果たした咲羅が次に目を覚ました時、風人の子どもたちが通う風子学園にいた。 勝手に連れてこられたことに怒る咲羅だったが、同い年の夕希（ゆうき）と舞弥（まや）に学園を案内してもらい、少しずつ風人の世界に興味が湧いてくる。 一方、学園長である風牙（ふうが）は、咲羅について調査を進めていた。 咲羅が暮らしていた村には、前学園長である持之（もちゆき）の《結界》が張られていたのだ。 持之は任務中の怪我が原因で４年前に亡くなっており、その死の詳細はずっと不明だった。 持之は何から咲羅を守っていたのか。なぜ学園に連れてこなかったのか。 風牙は持之の死の真相を探りはじめる。