2060年。地球への隕石衝突による壊滅的被害が発生。だが隕石の中に秘められていた彼岸結晶というとてつもないパワーを基に人類は空中都市(ユートピア)を築く。長い年月をかけ人類には復興の兆しが見えてきたが、ある一人の少女の出現によって、再び人類壊滅の恐れが…。翔が所属する武装警備隊FD等が立ち向かっていく…。