「この地に、今一度神々の楽園を蘇らせるときが来た」 ある日、平和だった世界は突如現れた「創世神」によって変えられてしまった。山は怒り、大地は震え、海は荒れ狂う。神々の侵略に抗うべく多くの文明社会が立ち上がったが、奮闘むなしく一瞬にして滅ぼされてしまう。抵抗するものがいなくなった地上では、「神々」が独自の領域を生成し今となっては文明社会など見る影もなくなってしまう。それからというもの、残った人類は地下シェルターで暮らし日々を過ごすことになった。 それから数百年。かつての文明社会国家の一つ、「日本」でフリーの傭兵をしているユウトと自我を持つ記憶喪失の少女型アンドロイドは出会う。 そして繰り広げられる闘争の果に暴かれる真実とは、一体なんなのか。