福井県坂井市三国の九頭竜川河口で女性の死体が発見される。被害者は宮内庁に勤める佐久間美佳 NHKは奈良県の箸墓古墳を題材にした卑弥呼の物語か福井県の男大迹皇子（継体天皇）の物語かで佐久間に意見書を求めていた。その佐久間が死んだことで大学の同級生だった福井県庁の反保と奈良県庁の野坂は警察から聴取を受ける。しかし佐久間が政治的な横やりがという言葉を残していたことから保守派の政治家の介入を疑い、東京での調査を行う。しかし事件当日の早朝5時半に佐久間が呼び出されていることに疑問を持った反保は福井県警の林田と共に佐久間の出身地である大阪市枚方市を訪れる。すると佐久間が過去をネタに民自党保守派から脅されていたのではないかという疑いを持つ。さらに佐久間も反保も野坂も先祖をたどると南北朝の戦いで越前の国で戦った南朝側の人間にたどり着くことがわかる。その後県警の林田は粘り強い捜査でホテル近くの防犯カメラに不審な男性と一緒にいる佐久間を発見する。東京の警視庁との合同捜査で民自党保守派の関口議員の秘書が事件に関与したことがわかる。保守派はその出自が明確でない男大迹皇子（継体天皇）をNHKが取り上げる事だけは阻止しようとしていたのだ。秘書の妻の証言で事件の全容が判明する。事件を解決した反保は残された野坂と共に男大迹皇子ゆかりの二本松山古墳の発掘に挑戦する。佐久間美佳が大学の研究室で用いていた日本史を世界史の観点から眺める手法を古代史に当てはめて考えた仮説で大和朝廷と対立していた高句麗が大和朝廷の背後にあたる越国と軍事同盟を結んでいたのではないかと考え、その証拠となる物を探していたのだ。反保と野坂が一点を見つめると死んだ佐久間の声が聞こえて不思議な力が湧いてくる。そして金印を発見する。この金印が世紀の大発見となり、東京でのマスコミ発表、さらには古代史学会での発表と続き、反保は一躍時の人となる。